Dejiny Františkových Lázní začínajú ďaleko pred ich založením. Už v stredoveku nosili nosičky vody Františkov prameň do blízkeho Chebu, kde sa pil ako stolová voda. Neskôr objavili lekári jeho liečivé účinky a prameň sa stal najvyhľadávanejším liečivom v Európe. V tej dobe bolo ochorenie človeka vnímané ako celkové zaplavenie tela jedovatými šťavami. Tie bolo nutné, podľa lekárov, z tela odviesť púšťaním žilou alebo vyplavením minerálnymi vodami s obsahom soli a síry, ktoré škodliviny na seba viažu.

Františkov prameň bol v tomto duchu využívaný na liečenie takmer všetkých chorôb, najmä však na liečenie ženskej neplodnosti. Oficiálne boli kúpele založené až v roku 1793 a o 14 rokov neskôr boli pomenované podľa cisára Františka I.. Za pár rokov sa z Františkových Lázní stali jedny z najnavštevovanejších kúpeľov v celej Európe. Najväčší rozkvet kúpeľov nastal pred 1. svetovou vojnou. Po 2. svetovej vojne boli kúpele znárodnené a  prestali sa rozvíjať. Po roku 1989 sa však Františkovy Lázně dostali do súkromných rúk, staré kúpeľné budovy sa začali obnovovať, služby sa zlepšili a kúpele začalo navštevovať čoraz viacej turistov zo zahraničia. V roku 1992 bola historická časť mesta vyhlásená za pamiatkovú rezerváciu.